Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. THOR-Merlin System ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die THOR-Merlin System ondersteunt zijn .TDT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in THOR-Merlin System op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door THOR-Merlin System.
THOR-Merlin System kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via THOR-Merlin System en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door THOR-Merlin System.