Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Thief II: The Metal Age ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Thief II: The Metal Age ondersteunt zijn .CRF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Thief II: The Metal Age op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Thief II: The Metal Age.
Thief II: The Metal Age kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Thief II: The Metal Age en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Thief II: The Metal Age.