Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. The Bat! ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die The Bat! ondersteunt zijn .MSB. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in The Bat! op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door The Bat!.
The Bat! kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via The Bat! en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door The Bat!.