Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. System Shock 2 ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die System Shock 2 ondersteunt zijn .CRF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in System Shock 2 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door System Shock 2.
System Shock 2 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via System Shock 2 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door System Shock 2.