Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Sysquake ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Sysquake ondersteunt zijn .SQD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Sysquake op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Sysquake.
Sysquake kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Sysquake en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Sysquake.