Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Swish-E ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Swish-E ondersteunt zijn .CONFIG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Swish-E op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Swish-E.
Swish-E kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Swish-E en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Swish-E.