Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Sun Java Studio ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Sun Java Studio ondersteunt zijn .PROPERTIES. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Sun Java Studio op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Sun Java Studio.
Sun Java Studio kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Sun Java Studio en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Sun Java Studio.