Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Subs Factory ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Subs Factory ondersteunt zijn .SRT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Subs Factory op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Subs Factory.
Subs Factory kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Subs Factory en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Subs Factory.