Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Sub Rosa ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Sub Rosa ondersteunt zijn .SRK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Sub Rosa op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Sub Rosa.
Sub Rosa kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Sub Rosa en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Sub Rosa.