Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. StuffIt Expander ondersteunt minimaal 67 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die StuffIt Expander ondersteunt zijn .Z. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in StuffIt Expander op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door StuffIt Expander.
StuffIt Expander kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via StuffIt Expander en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door StuffIt Expander.