Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. StereoPhoto Maker ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die StereoPhoto Maker ondersteunt zijn .MPO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in StereoPhoto Maker op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door StereoPhoto Maker.
StereoPhoto Maker kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via StereoPhoto Maker en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door StereoPhoto Maker.