Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Star Wars: Shadows of the Empire ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Star Wars: Shadows of the Empire ondersteunt zijn .SOE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Star Wars: Shadows of the Empire op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Star Wars: Shadows of the Empire.
Star Wars: Shadows of the Empire kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Star Wars: Shadows of the Empire en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Star Wars: Shadows of the Empire.