Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Star Trek Online ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Star Trek Online ondersteunt zijn .HOGG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Star Trek Online op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Star Trek Online.
Star Trek Online kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Star Trek Online en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Star Trek Online.