Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Star Trek: Armada ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Star Trek: Armada ondersteunt zijn .AID. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Star Trek: Armada op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Star Trek: Armada.
Star Trek: Armada kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Star Trek: Armada en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Star Trek: Armada.