Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. sseq2mid ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die sseq2mid ondersteunt zijn .SSEQ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in sseq2mid op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door sseq2mid.
sseq2mid kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via sseq2mid en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door sseq2mid.