Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Spyware Doctor ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Spyware Doctor ondersteunt zijn .VBT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Spyware Doctor op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Spyware Doctor.
Spyware Doctor kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Spyware Doctor en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Spyware Doctor.