Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. SIO2PC ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die SIO2PC ondersteunt zijn .ATR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in SIO2PC op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door SIO2PC.
SIO2PC kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via SIO2PC en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door SIO2PC.