Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Simulink Coder ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Simulink Coder ondersteunt zijn .RTW. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Simulink Coder op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Simulink Coder.
Simulink Coder kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Simulink Coder en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Simulink Coder.