Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Security Nessus ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Security Nessus ondersteunt zijn .NESSUS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Security Nessus op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Security Nessus.
Security Nessus kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Security Nessus en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Security Nessus.