Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. SecurDesk! ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die SecurDesk! ondersteunt zijn .SKN. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in SecurDesk! op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door SecurDesk!.
SecurDesk! kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via SecurDesk! en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door SecurDesk!.