Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. SeaMonkey ondersteunt minimaal 17 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die SeaMonkey ondersteunt zijn .XPI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in SeaMonkey op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door SeaMonkey.
SeaMonkey kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via SeaMonkey en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door SeaMonkey.