Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ScreenFlow ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ScreenFlow ondersteunt zijn .SCREENFLOW. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ScreenFlow op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ScreenFlow.
ScreenFlow kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ScreenFlow en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ScreenFlow.