Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. SciTE ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die SciTE ondersteunt zijn .WS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in SciTE op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door SciTE.
SciTE kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via SciTE en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door SciTE.