Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Sample Cell II ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Sample Cell II ondersteunt zijn .SC2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Sample Cell II op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Sample Cell II.
Sample Cell II kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Sample Cell II en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Sample Cell II.