Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. RPG Maker ondersteunt minimaal 8 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die RPG Maker ondersteunt zijn .RXDATA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in RPG Maker op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door RPG Maker.
RPG Maker kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via RPG Maker en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door RPG Maker.