Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ROT Tool ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ROT Tool ondersteunt zijn .ROT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ROT Tool op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ROT Tool.
ROT Tool kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ROT Tool en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ROT Tool.