Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Reader HD ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Reader HD ondersteunt zijn .ATOM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Reader HD op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Reader HD.
Reader HD kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Reader HD en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Reader HD.