Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Rational ClearCase ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Rational ClearCase ondersteunt zijn .CCSCC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Rational ClearCase op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Rational ClearCase.
Rational ClearCase kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Rational ClearCase en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Rational ClearCase.