Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Railroad Tycoon 3 ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Railroad Tycoon 3 ondersteunt zijn .PK4. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Railroad Tycoon 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Railroad Tycoon 3.
Railroad Tycoon 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Railroad Tycoon 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Railroad Tycoon 3.