Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. R-Studio ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die R-Studio ondersteunt zijn .DSK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in R-Studio op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door R-Studio.
R-Studio kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via R-Studio en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door R-Studio.