Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Quake 3 ondersteunt minimaal 12 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Quake 3 ondersteunt zijn .PK3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Quake 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Quake 3.
Quake 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Quake 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Quake 3.