Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Quake 2 ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Quake 2 ondersteunt zijn .BSP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Quake 2 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Quake 2.
Quake 2 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Quake 2 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Quake 2.