Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Qemu Manager ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Qemu Manager ondersteunt zijn .QCOW. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Qemu Manager op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Qemu Manager.
Qemu Manager kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Qemu Manager en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Qemu Manager.