Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PUTR ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PUTR ondersteunt zijn .TD0. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PUTR op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PUTR.
PUTR kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PUTR en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PUTR.