Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PUB2ID (Publisher to InDesign) ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PUB2ID (Publisher to InDesign) ondersteunt zijn .INDD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PUB2ID (Publisher to InDesign) op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PUB2ID (Publisher to InDesign).
PUB2ID (Publisher to InDesign) kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PUB2ID (Publisher to InDesign) en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PUB2ID (Publisher to InDesign).