Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PTV Vissim ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PTV Vissim ondersteunt zijn .INPX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PTV Vissim op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PTV Vissim.
PTV Vissim kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PTV Vissim en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PTV Vissim.