Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PS2emu ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PS2emu ondersteunt zijn .ELF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PS2emu op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PS2emu.
PS2emu kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PS2emu en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PS2emu.