Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ProjectWizards Merlin ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ProjectWizards Merlin ondersteunt zijn .MERLIN2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ProjectWizards Merlin op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ProjectWizards Merlin.
ProjectWizards Merlin kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ProjectWizards Merlin en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ProjectWizards Merlin.