Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Project Analyzer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Project Analyzer ondersteunt zijn .ANL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Project Analyzer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Project Analyzer.
Project Analyzer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Project Analyzer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Project Analyzer.