Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Pro Fortran ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Pro Fortran ondersteunt zijn .F. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Pro Fortran op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Pro Fortran.
Pro Fortran kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Pro Fortran en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Pro Fortran.