Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Pretty Good Privacy ondersteunt minimaal 11 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Pretty Good Privacy ondersteunt zijn .SEC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Pretty Good Privacy op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Pretty Good Privacy.
Pretty Good Privacy kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Pretty Good Privacy en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Pretty Good Privacy.