Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Poly Pro ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Poly Pro ondersteunt zijn .3DMF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Poly Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Poly Pro.
Poly Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Poly Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Poly Pro.