Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Polar ProTrainer ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Polar ProTrainer ondersteunt zijn .HRM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Polar ProTrainer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Polar ProTrainer.
Polar ProTrainer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Polar ProTrainer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Polar ProTrainer.