Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Plex Media Server ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Plex Media Server ondersteunt zijn .STRM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Plex Media Server op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Plex Media Server.
Plex Media Server kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Plex Media Server en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Plex Media Server.