Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PixRef ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PixRef ondersteunt zijn .PXG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PixRef op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PixRef.
PixRef kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PixRef en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PixRef.