Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PIPE-FLO Professional ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PIPE-FLO Professional ondersteunt zijn .PIPE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PIPE-FLO Professional op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PIPE-FLO Professional.
PIPE-FLO Professional kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PIPE-FLO Professional en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PIPE-FLO Professional.