Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PhysicsEditorOne ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PhysicsEditorOne ondersteunt zijn .PHYA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PhysicsEditorOne op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PhysicsEditorOne.
PhysicsEditorOne kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PhysicsEditorOne en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PhysicsEditorOne.