Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PHP Engine ondersteunt minimaal 8 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PHP Engine ondersteunt zijn .GNE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PHP Engine op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PHP Engine.
PHP Engine kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PHP Engine en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PHP Engine.