Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Pepakura Viewer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Pepakura Viewer ondersteunt zijn .PDO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Pepakura Viewer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Pepakura Viewer.
Pepakura Viewer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Pepakura Viewer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Pepakura Viewer.