Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Pepakura Designer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Pepakura Designer ondersteunt zijn .PDO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Pepakura Designer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Pepakura Designer.
Pepakura Designer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Pepakura Designer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Pepakura Designer.